Le résumé Novistart
Tomber malade quand on est son propre patron, c’est une perspective qui fait peur. Pas d’employeur pour maintenir le salaire, pas de filet automatique, ou du moins, c’est ce que beaucoup de micro-entrepreneurs croient. En réalité, vous avez des droits. Ils sont moins généreux qu’un salarié du privé, mais ils existent, et les connaître peut changer beaucoup de choses.
En tant que micro-entrepreneur rattaché au SSI (Sécurité sociale des indépendants), vous cotisez à l’assurance maladie et vous pouvez percevoir des indemnités journalières en cas d’arrêt de travail médicalement constaté, à condition de remplir certaines conditions de revenu et d’ancienneté. Les affiliés CIPAV, eux, n’ont pas accès à ce dispositif pour la maladie ordinaire : c’est un point crucial à connaître.
Dans ce guide : vos conditions d’éligibilité exactes, comment calculer vos indemnités, les démarches pas à pas, et pourquoi une prévoyance complémentaire est souvent indispensable pour vraiment vous couvrir.
Avant de parler d’indemnités, il faut savoir à quelle caisse vous cotisez. La grande majorité des micro-entrepreneurs, y compris les commerçants, artisans et professions libérales non réglementées comme les consultants, développeurs, coaches ou rédacteurs, dépendent de la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI). Ces profils ont droit aux indemnités journalières maladie sous certaines conditions. En revanche, certaines professions libérales réglementées comme les ostéopathes ou chiropracteurs qui relèvent de la CIPAV n’ont pas accès aux indemnités journalières maladie ordinaire. Seuls des accidents graves ou des incapacités permanentes ouvrent certains droits via cette caisse. Si vous n’êtes pas sûr de votre régime, vérifie sur secu-independants.fr ou dans votre déclaration de création d’activité.
Pour bénéficier des indemnités journalières, trois conditions doivent être réunies. Vous devez d’abord justifier d’au moins un an d’affiliation à la CPAM en tant qu’indépendant. Ensuite, votre revenu net annuel doit atteindre au minimum un tiers du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale, soit environ 15 000 € en 2026, sous réserve de révision. Enfin, l’arrêt de travail doit être prescrit par un médecin pour incapacité totale d’exercer votre activité. Si l’une de ces conditions n’est pas remplie, aucune indemnité ne peut être versée.
Le montant des indemnités journalières est calculé sur la base de votre revenu annuel moyen des trois dernières années, divisé par 730. Pour un revenu moyen de 30 000 € par an, cela représente environ 41 € par jour. Un délai de carence de trois jours s’applique avant le premier versement. La durée maximale d’indemnisation est de 360 jours sur une période de trois ans consécutifs. Ces montants et durées peuvent évoluer, vérifie les conditions en vigueur sur ameli.fr.
Dès que vous obtenez votre arrêt de travail, prescrit par votre médecin pour incapacité totale d’exercer, vous devez envoyer le volet 3 de l’arrêt médical à votre Caisse Primaire d’Assurance Maladie dans les 48 heures suivant la prescription. Au-delà de ce délai, vos indemnités peuvent être réduites ou refusées. Pendant toute la durée de l’arrêt, vous devez continuer à déclarer votre chiffre d’affaires à l’URSSAF, en indiquant zéro si vous n’avez pas exercé. Ne pas déclarer expose à des pénalités. Si l’arrêt est prolongé, il peut être justifié de contacter votre Service des Impôts des Entreprises pour demander un délai de paiement sur la Cotisation Foncière des Entreprises.
La première erreur est de ne pas envoyer le volet 3 dans les 48 heures. Beaucoup de micro-entrepreneurs ignorent ce délai, surtout en cas d’hospitalisation d’urgence. Si la situation l’impose, un proche peut effectuer l’envoi. La deuxième erreur fréquente est de ne pas avoir vérifié avant l’arrêt si les conditions de revenus étaient bien remplies. Certains entrepreneurs dont le CA a été faible sur les trois dernières années découvrent à cette occasion que leurs droits sont nuls ou très réduits. La troisième erreur est de compter uniquement sur les indemnités SSI sans prévoyance complémentaire, ce qui peut conduire à une perte de revenus significative dès les premières semaines.
Les indemnités journalières SSI sont calculées sur un revenu net souvent inférieur au revenu réel d’un micro-entrepreneur, et leur montant reste modeste. Une prévoyance complémentaire souscrite auprès d’un assureur privé permet de combler cet écart, avec des garanties dès le premier ou le quatrième jour selon le contrat. Pour un micro-entrepreneur dont l’activité dépend entièrement de sa capacité à travailler, cette couverture est généralement considérée comme indispensable. Notre page sur la protection et prévoyance du micro-entrepreneur détaille les options disponibles.
Julien est consultant IT en BNC, affilié SSI. Son chiffre d’affaires mensuel habituel est de 3 600 €, soit 43 200 € par an. Son revenu net après cotisations et impôts est d’environ 2 600 € par mois. Il tombe malade et est arrêté six semaines. Les trois premiers jours de carence ne sont pas indemnisés. Du quatrième au quarante-deuxième jour, ses indemnités sont calculées sur son revenu moyen des trois années précédentes, soit environ 28 000 € nets par an, ce qui donne environ 38 € par jour. Sur 39 jours indemnisés, il perçoit un peu moins de 1 500 €. Pendant ce temps, son chiffre d’affaires non facturé représente environ 5 400 €. L’écart non couvert par les indemnités est d’environ 3 900 € de revenus perdus. Avec une prévoyance complémentaire garantissant 80 % de son revenu dès le quatrième jour, Julien aurait perçu environ 2 000 € supplémentaires, réduisant significativement l’impact financier de l’arrêt. Pour un coût mensuel d’environ 80 €, cette protection représente un investissement pertinent dès lors que l’activité est la principale source de revenus.
Pour comprendre l’ensemble de votre protection sociale en tant que micro-entrepreneur, notre page sur la protection et prévoyance détaille les options disponibles. Si vous vous demandez comment les cotisations SSI s’articulent avec votre revenu net, notre page sur les cotisations sociales vous aidera à mieux comprendre le calcul. Et pour simuler votre revenu net en cas d’activité réduite, utilise le simulateur Novistart. En cas de grossesse, ce sont les indemnités de congé maternité qui prennent le relais, tandis que l’assurance maladie couvre vos soins courants.
Oui, s’il est affilié au SSI et remplit les conditions : 12 mois d’ancienneté et revenu annuel net d’au moins 10 % du PASS (~4 717 € en 2026). Les IJ démarrent au 4ème jour d’arrêt. Les affiliés CIPAV n’ont pas droit aux IJ pour une maladie ordinaire et doivent souscrire une prévoyance privée.
L’IJ est calculée sur votre revenu annuel moyen des 3 dernières années divisé par 730. Pour un revenu moyen de 25 000 €/an, l’IJ est d’environ 34 €/jour, soit ~1 020 €/mois. C’est souvent insuffisant pour couvrir vos charges habituelles — d’où l’intérêt d’une prévoyance complémentaire.
Oui, absolument. Même en arrêt total, vous devez déposer votre déclaration habituelle à l’URSSAF — en indiquant 0 € si vous n’avez pas généré de CA. L’absence de déclaration entraîne des pénalités. Si votre CA est nul, aucune cotisation n’est due (le régime micro est proportionnel au CA déclaré).
Le volet 3 de votre arrêt de travail doit parvenir à votre CPAM dans les 48 heures suivant la prescription médicale. Passé ce délai, vos indemnités journalières peuvent être réduites ou refusées. En cas d’impossibilité (hospitalisation urgente), contacte la CPAM dès que possible pour expliquer votre situation.
Oui. La Cotisation Foncière des Entreprises reste due même pendant un arrêt de travail, car elle est liée à l’existence de votre activité et non à son exercice effectif. En revanche, les cotisations URSSAF ne sont pas dues si votre CA est nul pendant l’arrêt (régime proportionnel). Vous pouvez demander un délai de paiement de la CFE en cas de difficultés prolongées.
À propos de l’auteur
Jonathan Bouveret
Fondateur de Novistart • Expert micro-entreprise
Lancer. Développer. Vivre de son activité.
Jonathan Bouveret aide les micro-entrepreneurs à y arriver. Sans jargon, sans complexité, sans se perdre dans l’administratif. Novistrat, c’est son terrain de jeu. Un seul objectif : rendre la micro-entreprise aussi simple qu’elle devrait l’être.
Parce que la liberté se construit.